Dokuz kubbeli, dört sütunlu, kapalı haç planlı, üç apsislidir. Asıl girişi güney yönünden olan kiliseye, kuzeyden açılan bir tünel vasıtasıyla girilebilmektedir. Elmalı Kilise'nin ilk süslemeleri doğrudan duvara kırmızı boya ile yapılan haç ve geometrik motiflerdir. Kilise 11'inci yüzyılın ortası ve 12'nci yüzyılın başına tarihlenmektedir. Sahneler; Deesis, doğum, üç müneccimin tapınması, vaftiz, Lazarus'un diriltilmesi, başkalaşım, Kudüs'e giriş, son akşam yemeği, ihanet, Hz. İsa Golgota yolunda, Hz. İsa çarmıhta, Hz. İsa'nın gömülmesi, Hz. İsa'nın cehenneme inişi, kadınlar boş mezar başında, Hz. İsa'nın göğe çıkışı ve aziz tasvirleridir.  Ayrıca Tevrat kaynaklı İbrahim Peygamber'in misafirperverliği ve üç Yahudi gencin fırında yakılması sahnesi resmedilmiştir.