Narteks kısmındaki küçük bir pencereden çok az ışık almasından dolayı bu şekilde adlandırılan Karanlık Kilise'nin içinde yer alan fresklerin renkleri oldukça canlı olarak korunmuştur. 11'inci yüzyıl sonu ile 12'inci yüzyıl başına tarihlenen kilise, İncil ve Hz. İsa siklusunu içeren zengin süslemelere sahiptir. Karanlık Kilise fresklerinde; Elmalı ve Çarıklı kiliselerinde olduğu gibi Tevrat kaynaklı sahneler de resmedilmiştir.
Bu sahneler: “Deesis”, “Müjde”, “Beytüllahim'e Yolculuk”, “Doğum”, “Üç Müneccimin Tapınması”, “Vaftiz”, “Lazarus'un Diriltilmesi”, “Başkalaşım”, “Kudüs'e Giriş”, “Son Akşam Yemeği”, “İhanet”, “Hz. İsa Çarmıhta”, “Hz. İsa'nın Cehenneme İnişi”, “Kadınlar Boş Mezar Başında”, “Havarilerin Takdisi ve Görevlendirilmesi”, “Hz. İsa'nın Göğe Çıkışı”, “İbrahim Peygamber'in Misafirperverliği”, “Üç Yahudi Gencin Yakılması” ve aziz tasvirleridir.