Gülşehir’in hemen girişinde yer alan ve iki katlı olan Aziz Jean Kilisesi’nin alt katında kilise, şarap mahzenleri, mezarlar, su kanalı ve görevlilere ait mekânlar; üst katında ise İncil'den alınmış sahnelerle süslenmiş bir diğer kilise yer almaktadır.
Alt kata ait kilise, tek apsisli, haç planlı olup haç kolları beşik tonozludur. Merkezi kubbesi çökmüştür. Süsleme açısından direkt ana kaya üzerine kırmızı aşı boyası ile stilize hayvan, geometrik ve haç tasvirleri resmedilmiştir. Üst kattaki kilise ise tek apsisli ve beşik tonozludur. Ana apsisteki resimlerin dışında oldukça iyi korunmuş olan kilise siyah bir is tabakası ile kaplıyken 1995 yılında gerçekleştirilen restorasyon ve konservasyon çalışmalarının ardından bugünkü görünümünü kazanmıştır. Apsisinde yer alan yazıtına göre 1212 yılına tarihlenen Kilisenin sahneleri bantlar içinde frizler halinde olup siyah zemin üzerine sarı ve kahverengi renkler kullanılmıştır. Niş tonozlarında ve cephelerinde bitkisel ve geometrik motifler tercih edilmiştir. Batı ve güney duvarında Kapadokya Bölgesi’nde oldukça nadir olarak resmedilen “Son Yargı Sahnesi” yer alır.
Kilisenin apsisinde Deesis, ön cephesinde kuş tasvirleri altında Müjde, tonozunda madalyonlar içersinde aziz tasvirleri; tonozun güney kanadında Son yemek, İhanet, Vaftiz, altında Meryem’in Ölümü; kuzey kanadında İsa’nın Çarmıhtan İndirilmesi, Kadınlar Boş Mezar Başında, İsa’nın Cehenneme İnişi ve batı ve güney duvarında ise Son Yargı sahneleri yer almaktadır.